1.污染環境。據計算，大量使用的農藥，大約只有0.1%作用于有害生物，其余99.9%或附著在農作物上，或散布到土壤里，或飄散在大氣中，或通過降雨等從地表徑流進入地表水和地下水，污染水體、土壤和整個生態系統。有些農藥可通過食物鏈的富集作用而逐級濃縮達到很高濃度。我國20%的耕地受到污染，80%淡水水體的水質超標，50%的地下水被污染，40%飲用水的水源不合格，而大氣質量完全符合世界衛生組織標準的城市只有1%；在污染源中，70%為化學物質；而在對人畜影響最大的12種有機污染物中，農藥占8種，即農藥占污染源的一半以上。

    2.誤傷非靶動物。在自然界中，人類視為有害的動物只占很少部分，多數無害，另有少數有益。目前所用的農藥，多數特異性差，殺傷譜廣，以致在殺傷有害生物的同時或以后，殃及許多無害甚至有益生物，包括有害生物的天敵。生態系統中許多物種的種群密度在短時間內反常下降，破壞了原有平衡。原有的有害生物天敵由于食物驟減而相應減少，控制有害生物的作用下降，導致有害生物數量的反彈。

    3.有害生物抗藥性嚴重。自1908年首次發同農業害早對石硫合劑產生抗藥性后，隨著農藥品種和用量的增加，有害生物的抗藥性日益嚴重。據統計，全球已產生抗藥性的害蟲，1970年為224種，1976年為364種，1978年達414種，1980年為428種，至1989年已達504種；估計目前已超過600種。我國從1980年應用防治家蠅，5年后，個別地方家蠅的抗藥強度已在萬倍以上。抗藥性的產生和加強，不僅影響防治效果，被迫提高使用濃度，增加了成本，對非靶動物的傷害和環境的污染也相應加重。